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- PublicationAccès libreComposer avec la Chronique coloniale. L’intertextualité comme « stratégie du brouillage » dans l’oeuvre de Patrick Chamoiseau(2023-06-12)Notre thèse de doctorat s’intéresse à l’intertextualité dans l’oeuvre de Patrick Chamoiseau, à ce qu’elle révèle comme à ce qu’elle dissimule de la relation ambivalente que l’écrivain créole entretient avec ses prédécesseurs, qu’il s’agisse d’Édouard Glissant, du canon littéraire français ou plus particulièrement de ce qu’il nomme lui-même la « Chronique coloniale ». Ce corpus hétérogène, constitué de relations de voyage, de mémoires d’histoire naturelle et d’autres traités relatifs aux Antilles françaises produits entre la fin du XVIIe siècle et l’Abolition de 1848, se situe à l’origine d’une longue histoire d’aliénation identitaire et culturelle. Or dans le même temps, ce socle documentaire s’avère incontournable pour dépeindre la souffrance et la résistance des esclaves africains et créoles, dont il constitue le seul témoignage écrit direct ; par ailleurs, la Chronique coloniale a balisé la nature des îles françaises d’Amérique et initié avec elle un rapport de domination qui en a durablement influencé les représentations, aux Antilles comme au-delà. Pour toutes ces raisons, les « scripteurs » coloniaux revêtent un statut éminemment paradoxal pour Chamoiseau qui les a absorbés mais ne peut dans un premier temps les reconnaître ouvertement comme sources, au risque de mettre en péril la posture d’écrivain de la créolité sur laquelle il a fondé ses premiers textes. Si des contradictions semblables ont été observées chez d’autres auteurs francophones, elles apparaissent comme fondatrices chez Chamoiseau qui, dans le même temps, les exploite pour l’élaboration d’une poétique marquée par l’ambivalence. Notre travail se propose donc d’examiner la façon dont Chamoiseau se confronte à ces deux grands informulables que sont l’horreur esclavagiste et la beauté de la nature en composant avec certains hypotextes coloniaux dont le principal, selon nous, est le Nouveau Voyage aux isles d’Amériques (1722) du Père Jean- Baptiste Labat, missionnaire dominicain envoyé en Martinique au tournant du XVIIIe siècle. Ce faisant, nous tentons de démontrer que l’intertextualité poétique se révèle chez Patrick Chamoiseau un moyen privilégié de s’approprier les discours et les représentations initiées par le l’ordre esclavagiste et le colonialisme tout en s’interrogeant sur ses propres hantises et élans d’écrivain.
- PublicationAccès libreThe population genetics of adaptation through copy number variation in a fungal plant pathogen(2022)AbstractMicrobial pathogens can adapt rapidly to changing environments such as the application of pesticides or host resistance. Copy number variations (CNVs) are a major source of adaptive genetic variation for recent adaptation. Here, we analyse how a major fungal pathogen of barley, Rhynchosporium commune, has adapted to the host environment and fungicide applications. We screen the genomes of 125 isolates sampled across a worldwide set of populations and identify a total of 7,879 gene duplications and 116 gene deletions. Most gene duplications result from segmental chromosomal duplications. Although CNVs are generally under negative selection, we find that genes affected by CNVs are enriched in functions related to host exploitation (i.e., effectors and cell‐wall‐degrading enzymes). We perform genome‐wide association studies (GWAS) and identify a large segmental duplication of CYP51A that has contributed to the emergence of azole resistance and a duplication encompassing an effector gene affecting virulence. We show that the adaptive CNVs were probably created by recently active transposable element families. Moreover, we find that specific transposable element families are important drivers of recent gene CNV. Finally, we use a genome‐wide single nucleotide polymorphism data set to replicate the GWAS and contrast it with the CNV‐focused analysis. Together, our findings show how extensive segmental duplications create the raw material for recent adaptation in global populations of a fungal pathogen.
- PublicationAccès libreRecent transposable element bursts are associated with the proximity to genes in a fungal plant pathogen(2023)The activity of transposable elements (TEs) contributes significantly to pathogen genome evolution. TEs often destabilize genome integrity but may also confer adaptive variation in pathogenicity or resistance traits. De-repression of epigenetically silenced TEs often initiates bursts of transposition activity that may be counteracted by purifying selection and genome defenses. However, how these forces interact to determine the expansion routes of TEs within a pathogen species remains largely unknown. Here, we analyzed a set of 19 telomere-to-telomere genomes of the fungal wheat pathogenZymoseptoria tritici. Phylogenetic reconstruction and ancestral state estimates of individual TE families revealed that TEs have undergone distinct activation and repression periods resulting in highly uneven copy numbers between genomes of the same species. Most TEs are clustered in gene poor niches, indicating strong purifying selection against insertions near coding sequences, or as a consequence of insertion site preferences. TE families with high copy numbers have low sequence divergence and strong signatures of defense mechanisms (i.e., RIP). In contrast, small non-autonomous TEs (i.e., MITEs) are less impacted by defense mechanisms and are often located in close proximity to genes. Individual TE families have experienced multiple distinct burst events that generated many nearly identical copies. We found that aCopiaelement burst was initiated from recent copies inserted substantially closer to genes compared to older copies. Overall, TE bursts tended to initiate from copies in GC-rich niches that escaped inactivation by genomic defenses. Our work shows how specific genomic environments features provide triggers for TE proliferation in pathogen genomes.
- PublicationAccès libreA thousand-genome panel retraces the global spread and adaptation of a major fungal crop pathogen(2023)AbstractHuman activity impacts the evolutionary trajectories of many species worldwide. Global trade of agricultural goods contributes to the dispersal of pathogens reshaping their genetic makeup and providing opportunities for virulence gains. Understanding how pathogens surmount control strategies and cope with new climates is crucial to predicting the future impact of crop pathogens. Here, we address this by assembling a global thousand-genome panel of Zymoseptoria tritici, a major fungal pathogen of wheat reported in all production areas worldwide. We identify the global invasion routes and ongoing genetic exchange of the pathogen among wheat-growing regions. We find that the global expansion was accompanied by increased activity of transposable elements and weakened genomic defenses. Finally, we find significant standing variation for adaptation to new climates encountered during the global spread. Our work shows how large population genomic panels enable deep insights into the evolutionary trajectory of a major crop pathogen.
- PublicationAccès libreDivergent Outcomes of Direct Conspecific Pathogen Strain Interaction and Plant Co-Infection Suggest Consequences for Disease Dynamics(2023)Plants are often attacked by a multitude of pathogens simultaneously, and different species can facilitate or constrain the colonization by others. To what extent simultaneous colonization by different strains of the same species matters, remains unclear.
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Bohnet, François 139
Type d'entité
Publication 29666