Job, Daniel

2007, Küffer, Nicolas, Job, Daniel

Wood-inhabiting aphyllophoroid basidiomycetes are a species rich and ecologically significant group in nemoral and boreal forests. They are divided in three major morphological groups: corticioid, poroid and thelephoroid basidiomycetes. The species richness and species distribution depend on several features on different scales: the diversity of the provided substrate, i.e. dead wood, is of vital importance on a smaller scale. On a larger scale the direct (i.e. amount of dead wood, natural likeness) and indirect (i.e. forest fragmentation, distance between fungal populations) impact of forestry highly influences the fungal species richness, additionally to site specific (i.e. altitude, exposition, slope) and regional (i.e. biogeographical region) characteristics. For the quality of dead wood as substrate for wood-inhabiting fungi, three features are most essential: size of dead woody debris, degree of decomposition and host tree species. These characteristics and their combinations create a wide variety of niches subsequently colonised by a great number of fungal species. Especially the often neglected smallest fraction of dead woody debris, i.e. thin branches and twigs, are rich in species. Woody shrub species and thermophilic tree species host a particularly rich fungal species set, as many aphyllophoroid species are host-selective. Additionally, the amount of dead woody substrate is equally important, especially in managed forests. Evidently, the amount and the composition of dead woody substrate are strongly influenced by forest management practices, where most dead wood is cleared and a siteadapted tree cover is often ignored. On a larger scale, the management history of a forest is very important: the time since the last forestry intervention seems a good indicator to predict fungal species richness, at least when dealing with strongly managed Central European forests. Furthermore, if intensive forest management results in habitat fragmentation, the fungal species richness is heavily affected. Fragmentation may not only occur spatially, but also temporally: a break in the availability of the dead woody substrate disrupts the continuity of the fungal life cycle and so causes the local disappearance of populations. When considering the high degree of substrate specialisation of most fungal species, this temporal break in the substrate availability is a major threat for fungal populations in managed nemoral forests. Considering these findings, the remnant patches of natural forest in Central Europe should harbour a considerably higher amount of wood-inhabiting aphyllophoroid basidiomycetes. However, the results of this study are equivocal. Despite the presence of a higher quantity of dead wood and of more diverse dead wood as substrate, which clearly favours the woodinhabiting basidiomycetes, the analyses could not reveal statistically relevant differences.

2006, Schiff Giovannini, Isabelle, Job, Daniel

Les champignons supérieurs sont une source encore peu explorée et exploitée de nouveaux produits naturels. Ils attirent toujours plus l’intérêt des milieux scientifiques et industriels. Dans ce contexte, nous voulions explorer le potentiel de champignons cultivés dans la recherche de nouveaux composés actifs. Nous avons obtenus les fructifications de 14 espèces de Basidiomycètes selon des techniques développées auparavant dans le laboratoire. De plus, nous avons testé la capacité à fructifier de 37 nouvelles souches de 27 espèces. Dans la plupart des expériences, seuls 4 substrats (A, B, C et D) variant principalement dans leur rapport C/N ont été utilisés. Quelques espèces ont été testées sur d’autres substrats, comme Agaricus blazei, seul saprophyte secondaire étudié durant ce travail. Nous avons obtenu la fructification de 59.5% des souches et 63% des espèces Plus la valeur C/N était basse plus il y avait d’espèces capables de former des fructifications : 56% sur le substrat A et 34.8% sur le substrat D. Certaines espèces présentaient une grande spécificité de substrat alors que d’autres pouvaient fructifier sur tous les substrats testés. Cependant un substrat adapté à une souche donnée ne convenait pas nécessairement à une autre souche de la même espèce. En conclusion l’initiation des primordia, la fructification, le rendement, mais aussi le temps jusqu’à la récolte dépendent du type de substrat, mais aussi de la souche utilisée. Le problème majeur durant la culture de champignons est le mycoparasite Trichoderma viride. A notre avis, l’aptitude à la compétition contre ce micromycète est une caractéristique à sélectionner parallèlement à la capacité à fructifier, lors du choix d’une nouvelle souche. Nous avons émis l’hypothèse qu’il est plus probable de trouver une molécule antifongique active contre ce pathogène chez des souches résistantes. Pour développer la méthode de sélection 5 souches de chacune des espèces Grifola frondosa et Fomitopsis pinicola ont été testées. Nous avons démontré que les tests en tubes de Téflon® étaient adéquats pour sélectionner des souches résistantes à un coût moindre et en un temps relativement court. De plus cela permet d’apporter des informations sur le comportement des souches sur les différents substrats. Les résultats ont montré qu’il y avait une grande variation de résistance entre souches et pour une même souche sur différents substrats. Un test autobiographique contre T. viride a été adapté de protocoles existants pour d’autres organismes. Les tests biologiques contre Bacillus subtilis, Cladosporium cucumerinum, Candida albicans, Biomphalaria glabrata et Aedes aegyptii, ainsi que contre le radical DPPH ont été réalisés sur 8 espèces à l’Institut de Pharmacognosie et Phytochimie de l’Université de Lausanne. Seul un petit nombre d’activités ont été décelées principalement dues à des acides gras. Nous avons comparé 5 souches de G. frondosa pour explorer la modulation chez les champignons. La variabilité morphologique, physiologique et chimique observée au sein d’une même espèce nous montre l’importance de conditions stables (souche, substrat, conditions de culture, traitement après récolte) dans la recherche de composés. Nous en concluons que ce travail est encourageant pour continuer dans cette ligne de recherche. Nous pouvons espérer un jour trouver de nouveaux arômes ou composés actifs étant donné le nombre d’espèces qui pourraient être testées. Il serait particulièrement intéressant de se focaliser sur des composés contre T. viride étant donné le manque de recherche actuellement réalisés sur ce sujet et le besoin urgent de nouveaux produits pour lutter contre ce pathogène.