Les bactéries endosporulantes (BES) sont un groupe de bactéries capables de former des structures de survie appelées “endospores”. On les considérait jusqu'ici comme un des groupes bactériens les mieux étudiés. Cette opinion était toutefois basée sur des cultures de BES en laboratoire. Or, au cours du projet SNF "Metabolic capabilities of spore-forming bacteria" (FN31003A-132358), nous avons montré que les connaissances fondées sur les cultures sont lacunaires. Nous avons identifié des gènes qui nous ont permis d'étudier ces bactéries sans passer par une étape de culture - directement à partir d'échantillons environnementaux - par exemple pour l'étude des liens de parenté au sein des communautés de BES, ou pour le recensement de ces bactéries dans les communautés microbiennes complexes. Nous avons ainsi démontré un lien entre les BES et des menaces environnementales comme les métaux lourds dans les sédiments. Nous avons aussi mené un suivi global de l'abondance des BES vivant dans des conditions extrêmes de salinité, de rayonnement UV, de sécheresse et de température. Ce suivi global montre que les BES sont effectivement favorisées dans ces environnements extrêmes. Nous avons aussi identifé près de 190 souches, dont plusieurs d'entre elles présentent une résistance naturelle à ces conditions extrêmes.

Buts

Ces résultats suggèrent que les BES sont adaptées aux stress environnementaux. Le but de ce projet est donc d'étendre nos connaissances des causes de ces adaptations. Nous proposons d'aborder les questions suivantes: Par quells mécanismes les bactéries endosporulantes résistent-elles aux métaux lourds ? Comment s'adaptent-elles aux environnements pauvres en nutriments ? Le résultat escompté de ce projet est la découverte d'une part de nouveaux genes ou protéines impliqués dans ces mécanismes de résistance - si possible avec des applications biotechnologiques - et d'autre part de voies métaboliques entières, non encore décrites chez ce groupe de bactéries.