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- PublicationAccès libreAn atlas of Brachypodium distachyon lateral root development(2024)The root system of plants is a vital part for successful development and adaptation to different soil types and environments. A major determinant of the shape of a plant root system is the formation of lateral roots, allowing for expansion of the root system. Arabidopsis thaliana, with its simple root anatomy, has been extensively studied to reveal the genetic program underlying root branching. However, to get a more general understanding of lateral root development, comparative studies in species with a more complex root anatomy are required. Here, by combining optimized clearing methods and histology, we describe an atlas of lateral root development in Brachypodium distachyon, a wild, temperate grass species. We show that lateral roots initiate from enlarged phloem pole pericycle cells and that the overlying endodermis reactivates its cell cycle and eventually forms the root cap. In addition, auxin signaling reported by the DR5 reporter was not detected in the phloem pole pericycle cells or young primordia. In contrast, auxin signaling was activated in the overlying cortical cell layers, including the exodermis. Thus, Brachypodium is a valuable model to investigate how signaling pathways and cellular responses have been repurposed to facilitate lateral root organogenesis.
- PublicationAccès libreA tightly regulated auxin signaling landscape is requiredfor spatial accommodation of lateral roots in Arabidopsis(2025)In Arabidopsis thaliana, lateral root (LR) development requires spatial accommodation responses in overlying endodermal cells. This includes loss of cell volume whilst maintaining membrane integrity to allow the expansion of the underlying LR primordia(LRPs). These accommodation responses are regulated by auxin-mediated signaling, specifically through Aux/IAA proteins, involving IAA3/SHY2. Plants that express a stabilized version of SHY2 (shy2-2) in differentiated endodermal cells, CASP1pro::shy2-2 plants, fail to make LRs. Exogenous treatment with 1-naphthaleneacetic acid(NAA) was reported to partially restore LR formation in this spatial accommodation mutant. Using treatments with auxins having different transport properties, such asNAA, indole-3-acetic acid (IAA), and 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D), we assessed the ability of each auxin to rescue LR formation in CASP1 pro::shy2-2 roots. This revealed that IAA is the most effective in partially restoring LR development, NAA is effective in inducing LRPs but cannot maintain their canonical phenotype, whereas 2,4-D induces non-controlled cell divisions. In addition, we show that in CASP1pro::shy2-2 roots, AUX1 appears to be repressed in the zone where the oscillation of the auxin response has been described. Our study advances the understanding of auxin-regulated spatial accommodation mechanisms during LRP formation and highlights the complex interplay of auxin transport and signaling in bypassing the endodermal constraints.
- PublicationAccès libreLes programmes d’occupation de travaux d’utilité publique au prisme de l’« intégration » et du « travail »(Neuchâtel : Université de Neuchâtel, 2025)Les programmes d’occupation de travaux d’utilité publique analysés dans ce mémoire sont unanimement considérés comme favorisant l’« intégration » des personnes issues de l’asile. Or, les pratiques, les politiques ou encore les discours sur la dite « intégration » ne sont pas anodins. Ils ont des implications importantes sur la façon dont nous concevons le monde, ils véhiculent des idées, des visions et des imaginaires particuliers ancrés dans la logique de l’État-nation (Dahinden 2016). Au contraire de l’idée d’« intégration » qui est systématiquement et volontiers associée à de tels programmes, il est plus difficile pour les acteur·trice·s de s’accorder sur le fait que ces programmes relèveraient ou non de « travail ». Ces programmes sèment le « trouble » sur la catégorie « travail », ils interrogent ses limites, mettent en lumière ses contradictions et ses enjeux (Dujarier 2021). Dans ce mémoire, je me propose d’analyser les programmes d’occupation de travaux d’utilité publique au prisme de l’« intégration » et du « travail » en me penchant sur les manières dont les acteur·trice·s mobilisent ces catégories. En ce sens, je considère l’« intégration » et le « travail » comme des catégories de pratique qui nourrissent des compréhensions particulières de la réalité sociale et engendrent des pratiques concrètes. Dans cette perspective, la question de recherche qui guide ce mémoire est la suivante : Qu’est-ce-que les notions d’« intégration » et de « travail » mobilisées par les acteur·trice·s pour parler des programmes d’occupation pour personnes issues de l’asile (in)visibilisent et (re)produisent ?
- PublicationAccès libreComputational exploration and analysis of meters and patterns in Arabic metrical poetry : detection, visualization, and clustering of structures and compositions(Neuchâtel : Université de Neuchâtel, 2024)Cette thèse aborde le problème de l’insuffisance de données et d’outils de traitement automatique du langage naturel liés au système métrique de la poésie arabe, ce qui rend l’exploration des compositions poétiques difficile. Bien que le système métrique ait été largement étudié d’un point de vue linguistique, il a reçu beaucoup moins d’attention en linguistique computationnelle, où des données structurées et des techniques de traitement appropriées sont essentielles pour une analyse efficace. Pour aider à résoudre ce problème, la thèse propose des solutions dans trois domaines clés : les règles du système métrique arabe, les techniques de traitement automatique du langage naturel (NLP) et l’analyse et la visualisation des structures poétiques. Nous présentons Arabic Meters Identification System (AMIS) , un framework structuré organisé en modules spécialisés. Au coeur de AMIS, les données et les règles du système métrique arabe sont intégrées, caractérisant ainsi tous les mètres arabes. Des modules supplémentaires se concentrent sur la détection automatique des mètres dans les poèmes ou les vers individuels, avec une précision fiable de 99,97%. D’autres modules sont dédiés à l’analyse structurelle et à la visualisation des compositions poétiques, y compris des évaluations comparatives. En outre, cette thèse identifie les principales caractéristiques des structures poétiques arabes métrées grâce à une approche de Clustering basée sur cinq métriques : Evenness, Variability, Repetition, Pattern Potential et Pattern Usage. Nos résultats montrent que Repetition, Variability et Pattern Usage sont les métriques les plus significatives, avec seulement deux attributs suffisants pour caractériser la structure d’un poème. De plus, nous explorons le potentiel de la représentation visuelle de la structure de la poésie arabe, la rendant accessible aux locuteurs arabophones et non arabophones. Ces techniques de visualisation ont permis de découvrir de nouvelles métriques qui améliorent les résultats du Clustering, offrant des perspectives plus approfondies sur la structure de la poésie arabe.